Podobnie jak szereg innych średniowiecznych uniwersytetów, czyli jak je wówczas nazywano studium generale, Akademia Krakowska swoje powstanie zawdzięczała decyzji papieża. Od początku też przed Uniwersytetem Krakowskim stanęło zadanie wychowywania scholarów w duchu wiary katolickiej i przygotowywanie ich do pracy misyjnej na ziemiach opanowanych przez pogan i schizmatyków, a także w świeżo pozyskanej dla Kościoła Litwie, jak to wyraźnie podkreślił w akcie odnowienia Akademii z 1400 r. Władysław Jagiełło. Myśl o znaczeniu Uniwersytetu w zakresie zaspokajania duchowych i intelektualnych potrzeb Litwinów przewijała się zresztą kilkakrotnie w kolejnych przywilejach Jagiełły dla krakowskiej uczelni z lat 1417, 1419 i 1426. Dość wcześnie również krakowscy teolodzy i kanoniści włączyli się w nurt reformy podjętej dla podniesienia poziomu polskiego kleru, czynnie uczestnicząc w synodach i zjazdach duchowieństwa. Służyli też biskupom w rozwiązywaniu różnych spraw oraz pomagali lokalnym duszpasterzom, dostarczając im odpowiednich podręczników i zbiorów kazań. Jednocześnie angażowali się w spory doktrynalne, które podzieliły chrześcijańską Europę na dwa obozy: zwolenników nauki Jana Husa i ich przeciwników. Krakowscy profesorowie bowiem nie mogli pozostać na uboczu toczących się gwałtownych polemik religijnych.

Bastion wiary

Także w dobie reformacji Uniwersytet Krakowski potrafił się oprzeć „nowinkom religijnym”, opowiadając się zdecydowanie po stronie Kościoła katolickiego, chociaż wśród profesorów i studentów było o wiele więcej propagatorów reformacji niż wcześniej zwolenników husytyzmu. Z Kościołem pojednał się nawet jeden z głównych propagatorów reformacji na Uniwersytecie – Pinczovius, czyli Stanisław Stalek z Pińczowa (ok. 1518–1598).

Szermierzem kontrreformacji był ośmiokrotny rektor Akademii Krakowskiej Jakub Górski (ok. 1525–1585). Za jego rektoratu w 1578 r. czterdziestu profesorów złożyło katolickie wyznanie wiary. Zdołał też do swych poglądów przekonać jednego z najzdolniejszych uczniów Stanisława Sokołowskiego (1537–1593), który z biegiem czasu stał się szczególnie głośnym w kraju i zagranicą polemistą antyprotestanckim.

W służbie tej ideologii działali również aktywnie byli scholarzy Akademii, spośród których jednym z najbardziej zasłużonych na tym polu był kardynał Stanisław Hozjusz (1504–1579). Jego zasługą była ostateczna redakcja tekstu katolickiego wyznania wiary pt. „Confessio”, które zostało zaprzysiężone przez wszystkich biskupów, a następnie w rozszerzonej wersji doczekało się około 30 wydań w tłumaczeniu na języki polski, niemiecki, francuski, włoski, angielski, flamandzki, czeski, arabski i ormiański. Również wybitnym obrońcą wiary katolickiej był inny absolwent Akademii Krakowskiej, przyjaciel i następca Hozjusza na biskupstwie warmińskim, Marcin Kromer (1512–1589). Sławę przyniosła mu wydana w Bazylei w 1555 r. „Historia Polaków”, w której podkreślał związki między narodem a katolicyzmem. Z absolwentów Akademii Krakowskiej rekrutowali się też najwybitniejsi kaznodzieje tego okresu jak jezuita Piotr Skarga czy dominikanin Florian Birkowski. Takie zaangażowanie się w sprawy wiary profesorów i absolwentów Akademii było przyczyną, że już stosunkowo wcześnie stała się ona przedmiotem ataków ze strony zwolenników reformacji.

Cystersi i dominikanie

Interesujące są wzajemne relacje między uczelnią a działającymi w Krakowie zakonami, zwłaszcza cystersami i dominikanami. Władysław Jagiełło wyjednał u papieża Bonifacego IX tzw. dekret rzymski, na mocy którego wszyscy chcący studiować cystersi z klasztorów polskich mieli pod groźbą ekskomuniki czynić to w Krakowie. Król natomiast ze swej strony obiecał, że założy tu specjalne kolegium dla studiującej młodzieży cysterskiej. Z kolei długoletni (1403–1426) opat klasztoru w Mogile koło Krakowa Jan Stechir jako opat generalny cystersów wydał zarządzenie, aby wszyscy scholarzy cysterscy z prowincji polskiej, ostrzyhomskiej, praskiej, magdeburskiej, ryskiej i diecezji kamieńskiej mogli pobierać nauki teologiczne wyłącznie w Akademii Krakowskiej.

Jeszcze bliższe więzy łączyły Uniwersytet Krakowski z dominikanami jako zakonem, który do posiadania wiedzy oraz kształcenia zakonników przywiązywał dużą wagę. W szczególności za rektoratu Benedykta Hesse, gdy prowincjałem zakonu w Polsce był Jakub Godziemba z Bydgoszczy, został zawarty podobny jak w Paryżu i Kolonii układ między Uniwersytetem a dominikanami krakowskimi. W myśl jego postanowień dominikanie studiujący i zdobywający stopnie naukowe w Akademii Krakowskiej mieli mieć zapewnione wszystkie prawa i wpływy na uczelni, natomiast członkowie społeczności uniwersyteckiej mieli uczestniczyć we wszelkich łaskach i błogosławieństwach Bożych, które by przez dominikanów na ludzkość spłynęły. Do studiów w Akademii dopuszczono więc cały zakon dominikanów, przy czym owa inkorporacja powodowała, że członkowie konwentu dominikańskiego nie byli zobowiązani do immatrykulacji przy podejmowaniu studiów. Unia pomiędzy Akademią a dominikanami umożliwiała także profesorom studium zakonnego inkorporowanie się do wydziałów Akademii łącznie z teologicznym i obejmowanie tam katedr. Z drugiej strony jednak pomiędzy dominikanami a profesorami Akademii dochodziło niekiedy do kontrowersji i sporów na tle doktrynalnym. Tak więc wspomniany Jakub Godziemba stał się celem ataków mistrza Akademii Sędziwoja z Czechła, który domagał się usunięcia z kościoła dominikanów znajdującej się tam od dwustu lat rzeźby Matki Boskiej leżącej na łożu po urodzeniu Pana Jezusa. Jaki był wynik dysputy i całego sporu nie wiadomo, ostateczne zwycięstwo odniósł jednak Sędziwój, gdyż Jakubowi generał zakonu kazał usunąć ową rzeźbę z kościoła.

Bliskie stosunki łączyły też Uniwersytet Krakowski z innymi zakonami, jak np. z benedyktynami tynieckimi, którym zawdzięczał on przyłączenie do uczelni przez papieża Kaliksta III kościoła św. Mikołaja poza murami Krakowa wraz z dochodami i prawem prezenty na stanowisko proboszcza, które wygasło dopiero w 1945 r.

Święci absolwenci

Kiedy na początku XX wieku prof. Jan Fijałek pisał o św. Janie Kantym, że „jedyny to dotąd Święty w Kościele profesor Uniwersytetu w zastępie świeckich duchownych”, nie wiedział, gdyż wiedzieć oczywiście nie mógł, że to jego stwierdzenie już po kilkudziesięciu latach przestanie być aktualne i to dzięki człowiekowi, z którym dobrze się znał i często spotykał, a mianowicie Józefowi Sebastianowi Pelczarowi, ogłoszonemu błogosławionym, a następnie świętym przez papieża Polaka Jana Pawła II. Nie spodziewał się też uczony profesor, że świętą zostanie również królowa Jadwiga. Jeżeli do grona tych trzech świętych doda się św. Szymona z Lipnicy, bakałarza Akademii Krakowskiej oraz absolwenta i docenta Uniwersytetu Jagiellońskiego, arcybiskupa lwowskiego św. Józefa Bilczewskiego, a także kilku innych żyjących w XV wieku w różnym czasie uznanych za błogosławionych uczniów Uniwersytetu (Izajasza Bonera, Stanisława Sołtysa zw. Kazimierczykiem, Michała Giedroycia) otrzyma się pokaźny zastęp wyniesionych na ołtarze osób, którymi słusznie szczyci się krakowska Alma Mater.

W szczególny sposób Uniwersytet Jagielloński szczyci się natomiast postacią najwybitniejszego ze swych wychowanków, za jakiego jest uważany Jan Paweł II. Jako papież nigdy nie ukrywał on szczególnego sentymentu, który żywił do swojej macierzystej uczelni. Zaakcentował to specjalnie w przemówieniu do delegacji Uniwersytetu Jagiellońskiego w dniu 11 maja 1981 r.: „Przyjmując was jako wysłanników tej właśnie Alma Mater, z którą jestem tak głęboko związany, której tak wiele zawdzięczam w moim życiu, której dziedzictwo przyniosłem ze sobą tutaj i noszę w sobie wszędzie, gdziekolwiek mnie prowadzi moje obecne posługiwanie, moje obecne posłannictwo. Bardzo proszę, ażeby panowie... zechcieli być wobec całej społeczności akademickiej, wobec pana rektora magnificencji, senatu akademickiego, wszystkich profesorów, pracowników nauki i studentów, wyrazicielami mojej wielkiej wdzięczności. Równocześnie, żeby zechcieli być wyrazicielami mojej łączności z wielkim akademickim środowiskiem Uniwersytetu Jagiellońskiego i całego Krakowa...” Najdobitniej jednak Ojciec Święty to swoje przywiązanie wyraził w przemówieniu w dniu 23 czerwca 1983 r. z okazji otrzymania doktoratu honoris causa, stwierdzając: „Istnieje podstawowa suwerenność społeczeństwa, która wyraża się w kulturze Narodu. Jaki jest udział Uniwersytetu Jagiellońskiego w tworzeniu i upowszechnianiu tej kultury, wszyscy wiemy. Dzisiaj... ja, Jan Paweł II, staję wobec tych portretów, wobec tej wielkiej genealogii mojej jagiellońskiej Alma Mater – i jak przystało wobec matki – całuję ręce, aby tym gestem dać świadectwo, jak wielki dług zaciągnąłem. Ja sam – wraz z całym moim Narodem”.

Ma więc z czego być dumny krakowski uniwersytet. Niewiele innych uczelni na świecie może się pochwalić tym, że wśród jego profesorów i uczniów byli nie tylko tacy, którzy zwrócili na siebie uwagę świata osiągnięciami naukowymi, ale również i ci, którzy zapewnili sobie trwałe miejsce w historii dzięki głębokiej religijności i wrażliwości na niedolę ludzką.

Nie nawracanie mieczem, ale przekonywanie – Plus ratio quam vis – to złota zasada Uniwersytetu Jagiellońskiego, który dla kultury europejskiej miał olbrzymie zasługi. Na tym uniwersytecie wykładali wybitni uczeni, na przykład Mateusz z Krakowa (1330–1410) czy Mikołaj Kopernik (1473 –1543).