Ciała śpią, dusze czuwają

Prawdziwym przełomem było jednak wzniesienie Kaplicy Królewskiej - zwanej obecnie Zygmuntowską, z polecenia króla Zygmunta I Starego, przez zespół włoskich artystów realizujących projekt Bartolomea Berrecciego. Kaplica ta stała się wzorem dla kolejnych, renesansowych i manierystycznych mauzoleów stawianych przy katedrze na miejscu wcześniejszych biskupich kaplic gotyckich. Niektóre średniowieczne ołtarze, wśród nich także ołtarz główny, ustąpiły miejsca nowym, renesansowym. W tym samym czasie, w XVI wieku, powstało również wiele nagrobków przede wszystkim królewskich i biskupich oraz epitafiów. Renesansowe i manierystyczne wyposażenie katedry było dziełem wybitnych artystów osiadłych w Krakowie, w znacznej części pochodzących z Włoch, takich jak wspomniany Bartolomeo Berrecci, Giovanni Maria Padovano, Jan Michałowicz z Urzędowa czy Santi Gucci. W krypcie imponującej Kaplicy Zygmuntowskiej pochowano króla Zygmunta Augusta i jego siostrę królową Annę Jagiellonkę, a także Elżbietę Habsburżankę, pierwszą żonę Zygmunta Augusta. W sąsiednich kryptach pod Kaplicą Zygmuntowską złożono też prochy Stanisława Leszczyńskiego, sprowadzone tu dopiero w 1938 roku, oraz szczątki Augusta II Mocnego.

Duży sarkofag kryje też szczątki Zygmunta Starego, a obok niego złożono – w tym samym grobowcu - szczątki jego syna Olbrachta, zmarłego w niemowlęctwie. Nieopodal spoczywa też Siedmiogrodzianka, Barbara Zapoyla, pierwsza żona Zygmunta Starego. Szczątków drugiej małżonki królewskiej, bardziej znanej Bony Sforzy, nie pochowano na Wawelu – spoczywają w katedrze św. Mikołaja w Bari, gdzie królowa zmarła.

Naprzeciwko Kaplicy Zygmuntowskiej znajduje się sarkofag świętej królowej Jadwigi, z białego alabastru, obecnie pusty, gdyż po kanonizacji królowej przez Jana Pawła II szczątki świętej Jadwigi przeniesiono do stóp osławionego cudami drewnianego krucyfiksu z XIV w.

Według prastarej legendy Jadwiga modliła się tu przed poślubieniem króla Jagiełły i Chrystus podobno przemówił do niej. Krucyfiks przesłonięty jest czarną krepą chroniącą święty wizerunek przed bezpośrednimi spojrzeniami. Krzyż zawdzięcza czarny kolor smole, którą został pokryty w celu ochrony przed kornikami. Wśród wotywnych podarków u stóp Chrystusa wisi też pozłacane strzemię wielkiego wezyra Mustafy, które król Jan III Sobieski zdobył w bitwie pod Wiedniem w 1683 roku.

W kryptach wawelskich pochowano też m.in.: w słynnej krypcie św. Leonarda – Jana III Sobieskiego i jego żonę Marię Kazimierę d’Arquien, znaną jako królowa Marysieńka, a także króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego.

W odrębnej krypcie pochowano monarchów z dynastii Wazów i ich krewnych, m.in.: Zygmunta III Wazę, który ma swą kolumnę na placu Zamkowym w Warszawie, jego syna – Jana Kazimierza i żonę tego ostatniego, królową Ludwikę Marię Gonzagę. W innej krypcie spoczywa Władysław IV Waza, a w jeszcze innej - Stefan Batory. Każdego dnia w sezonie groby te odwiedzają tysiące turystów. Przy wyjściu z krypt zmarłych osłania specjalny baldachim, zaprojektowany przez Adolfa Szyszko – Bohusza. Zdobi go łacińska inskrypcja: „Corpora dormiunt, vigilant animae” – „Ciała śpią, dusze czuwają”. Co ciekawe, cokół, na którym spoczywa ów architektoniczny baldachim, wykonano z elementów przetopionego pomnika Ottona Bismarcka, stojącego w czasie zaborów w Poznaniu i obalonego w 1919 roku przez poznaniaków, zaś  kolumny konstrukcji pochodzą z soboru św. Aleksandra Newskiego, który wznosił się na placu Saskim w Warszawie. Same kapitele kolumn i ich bazy wykonano z przetopionych dział austriackich.